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R语言实现对基因组SNV进行注释

2017-04-28

R语言实现对基因组SNV进行注释

很多时候，我们需要对取出的SNV进行注释，这个时候可能会在R上进行注释，通常注释文件都含有Chr(染色体)、Start(开始位点)、End(结束位点)、Description（描述），而我们的SNV文件通常是拥有Position（位置），因此我们可以先定位Chr，再用Postion去定位到Start和End之间，找到相对应的Description。为了加快速度，可以使用二分查找法。
1 for (value in dt$value){
2 #df:data.frame, V1 and V2 should be Start and End   value: Postition used to find region return:df row number where position locates ,if no region return -1
3     low=1
4     high=nrow(df)
5     mid=high %/% 2
6     if (df[low,1] <= value & value <= df[low,2]) low
7     else if (df[high,1] <= value & value <= df[high,2]) high
8     else{
9     while (value > df[mid,2] || value < df[mid,1]){
10       if (value > df[mid,2]){
11         low = mid+1
12       } else if (value < df[mid,1]) {
13         high = mid - 1
14       }
15       if(high<low){
16          mid=-1;break
17       }
18       mid=(low+high)%/%2
19     }
20       mid
21 }
22 }